Inovacione radne grupe su radna tijela Savjeta za inovacije i pametnu specijalizaciju i dio su S3 Nacionalnog implementacionog okvira koji omogućava održavanje kontinuiteta procesa preduzetničkog otkrivanja (EDP). Osnivaju se za svaku prioritetnu S3 oblast: Održiva poljoprivreda i lanac vrijednosti hrane; Energija i održiva životna sredina; Održivi i zdravstveni turizam; Informaciono-komunikacione tehnologije, a u njihovom sastavu su predstavnici: nadležnih ministarstava, privrede, naučno-istraživačke zajednice i nevladinog sektora.